El handball es una de las disciplinas con más socios activos en Godoy Cruz y la que más logros deportivos ha logrado en la historia detrás del fútbol profesional.

El handball tombino tuvo sus inicios a través de diferentes trabajos de captación realizados en la Escuela del Tomba. A fines de 1995 se presentó la nota para la afiliación a la AMEBAL, en ese momento, sólo para presentar la categoría cadetes y juveniles femenino, pero con el compromiso de ir sumando las diferentes categorías.

Lo llamativo y más que destacable es que desde 1996 hasta el presente, Godoy Cruz siempre clasificó por lo menos en una categoría a alguna Liga Nacional de Clubes (torneo más importante a nivel nacional para clubes). Y el año record fue el 2015 dónde fueron cinco las categorías tombinas que participaron en dichos torneos (se separan en Nacional ‘A’, ‘B’ y ‘C’).

El Tomba tiene en sus vitrinas seis Nacional de Clubes. El primero en Salta en 2005 en la categoría juvenil masculino bajo la dirección técnica de Leonardo Tello y Héctor Leiva. El segundo se dio en San Rafael en el 2008  en la categoría cadetes femenino con Freddy Zanona a la cabeza. Y en los últimos años se lograron los cuatro restantes; el tercero tuvo lugar en Bariloche en el año 2016 en la primera femenino en el Nacional de Clubes ‘C’, el cuarto se dio a mediados de 2017 y en la rama masculina, la primera tombina gritó campeón en Chapadmalal en el Nacional de Clubes ‘D’. Y ya en 2018 se obtuvieron dos campeonatos más, ambos en la rama masculina, las juveniles en San Nicolás levantaron el título del Nacional de Clubes ‘C’, mientras que la primera femenina alzó el 6to título nacional del club en el Torneo Regional disputado en Mendoza.

En el medio local, Godoy Cruz es uno de los cuatro clubes en tener por lo menos un título en todas sus categorías, son catorce en total, siete en femenino y siete en masculino. Pero el año dorado a nivel provincial fue el 2003 donde se consiguieron ocho títulos y dos subcampeonatos en diferentes categorías, todas bajo la conducción de Freddy Zanona.

En el presente, el handball tombino tiene cerca de doscientos jugadores, once profesores, tres preparadores físicos y un coordinador junto a una subcomisión de padres que está compuesta por unas veinticinco personas. En 2016 se sumó al trabajo conjunto con el handball la Escuela de Psicomotricidad que es para niños menores de 6 años y se completaron las dos primeras B (segundo equipo de primera división en femenino y masculino) que tiene como objetivo formar y promocionar jugadores para el primer equipo.